シンジ達が戦う決意を固めていた同時期……コオリ達と話していたリンク達も、それぞれの理由を元に参戦する事をコオリ達に明かす。
「俺はハイラルに帰るまで、死ぬ訳にはいかないし、オラクルでやらなきゃならない事もまだ見つかってない……それなのに『力があるのに何もしない』は言い訳にもならないし、俺はそんな事したくないからな」
左手を握り締めるリンク、薄っすらと左手の甲で『トライフォース』が輝き出す。
チーフも「俺の任務……MARZの使命は『不法な戦闘を取り締まる事』……アークスがダーカーを駆逐するのと、大して変わらん……例えあのフォトナーの連中が相手だろうと、やることは同じだ」と言う。
「……なんだ、やっぱり主人公だよなぁ（ですねぇ）……」
そんなため息交じりの感想で絆されたエンガとコオリ、マトイと別れて合流したヒツギまで強引に引き込んで、天星学園組も参戦の準備を始めるのであった。
時の勇者リンク、MZV-747-J「TEMJIN 747J」
ヒツギ、コオリ、エンガ「天星学園組」、参戦決定！！
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そして、遂にフォトナー艦隊の残党（？）の迎撃戦が幕を開けた。
開幕と同時に放たれた、攻撃艦からのフォトンビームがフォトナー艦隊の攻撃艦を多数撃破、しかし、生き残った艦隊も未だ多く、敵の旗艦とされる超大型艦も当然ながら健在……A.I.S.による残存艦の掃討と、敵旗艦の制圧作戦を同時並行で展開する作戦に切り替えたアークス側は、攻撃艦やA.I.S.を囮に多数のキャンプシップを敵艦隊の後方に転移させて侵入を試みる。
そして、出撃を待つA.I.S.のコクピットでイオは愚痴を溢していた……
「こんなタイミングでフォトナーの襲撃なんて……シバはもう倒せたっていうのに！」
そう……フォトナーの長であり、深遠なる闇を内包した終の女神シバは既に倒され、本来ならフォトナー艦隊は二度と現れない筈だった。
だが現にフォトナー艦隊は現れ、実際に襲撃を受けているし、アークス側には少なからず損害が出ている……理由や原因が何なのか、不意に落ちない点は幾つもある……だがしかし、降りかかる火の粉は払わなければ生き残れない。
「ゴチャゴチャ考えるのは後回しだ……イオ、A.I.S.出るぜ！」
自動化された姿勢制御とコクピットからの操作によって、巨大な人型の機動兵器が格納庫から宇宙空間へと飛び出し、戦線へと合流していく……
つかの間の平和を切り裂く戦いの炎……アークスはその火消しに奔走する。
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敵旗艦への侵入に成功したアークス達を待ち構えていたのは、これまた大量の閃機種と……滅ぼされた筈のダーカー、そして、幻創種の群れであった。
「げ、幻創種です！！ 閃機種や大量のダーカーに混じって幻創種が！？」
素っ頓狂な叫び声で敵勢力の分析結果を報告するシエラ、シャオはこの異常事態に何やら策謀めいたものを感じていた。
（ダーカーや閃機種……それに混じっている幻創種、VRでもなければ実現しない組み合わせ……まさか、ね）
原因は理解できたが、一部納得できない理由がある……それに辿り着くには今少しの情報が足りない……奴は何故、こんな事を仕掛けてきたのだろうか、と。
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「「ハァッ！！」」
キリトとアスナ、息の合ったコンビネーションが幻創種を斬り裂く……
白衣の男に手渡されたかつての愛剣、それはかつての……いやそれ以上の威力を以て幻創種を消し去っていた。
「でぇぇぇぇぇぇい！！」
「そこっ！！」
「……外さないわ」
それぞれ手にした得物を操り、次々と閃機種を撃破していく３色のEVA……
スケールダウンした以外は本物と同じ挙動や性能……彼らが放つ攻撃は、閃機種に効果の薄いフォトンではなく、物質である限り逃れられない物理法則によって引き起こされる……つまり思わぬ程の効果的なダメージを閃機種に与え撃破していく。
「ハァァァァァッ！！」
「…………。」
光剣の軌跡が閃き、瞬く間にダーカーの群れが消え去っていく……
退魔の力を持つ剣と、類まれなる技量……そして折れぬ意思、時の勇者と呼ばれた彼の剣が、邪悪な存在を根こそぎ刈り取っていく。
それと同時に、敵の群れを高速で駆け抜ける一筋の光……光点が止まった瞬間、その周囲の敵が一斉に吹き飛ばされ、撃ち抜かれ、そして斬り裂かれていた。
「如何な軍勢であろうと、この程度では俺を止められん……出直してくるんだな」
此方も同じく、人間サイズになった愛機を駆るチーフ……彼が操るのは「MZV-747-J TEMJIN 747J」彼の所属する組織「MARZ」が所有する最新鋭のバーチャロイドであり、彼の超人的な技量に耐えられる最高性能の機体……当然持ってきたのは勿論、あの白衣の男……彼はチーフにも専用機を用意していたのである。
アークスに混じって掃討作戦に参加した彼らは、周囲に負けぬどころか上回る殲滅力を発揮し、注目を浴びていた。
「……彼らに遅れを取るな！ 臆する事はない、奴らは一度倒せた相手……ならば、生き延びた我々は更に強くなっている！ 一度滅んだ相手に、負けるはずはない！！」
それぞれ奮起し勢いを増す艦内制圧組だが、大型閃機種「グラーブ・エグゼクル」が複数出現……同時に「ダーク・ラグネ」や「ベガス・イリュージア」、「トレイン・ギドラン」など、大型の幻創種やダーカーまで同時に登場してくるため、戦況はあまり芳しくなかった。